Josip Mihaljević, titulu doktora povijesti stekao je 2015. na Filozofskom fakultetu u Zagrebu. Primarno područje znanstvenog interesa mu je hrvatska povijest druge polovice 20. stoljeća. Od 2009. zaposlen je na Hrvatskom institutu za povijest i sudjeluje u radu više znanstvenih projekata. Od 2015. predaje na Hrvatskom katoličkom sveučilištu u Zagrebu na kojem izvodi kolegij Ideologija i praksa komunizma u povijesnoj perspektivi.
Autor je i voditelj emisije „Povijesne kontroverze” na Trećem programu Hrvatskoga radija za koju je 2019. nagrađen nagradom „Vjekoslav Klaić“ za popularizaciju povijesti.
Scenarist je dokumentarne serije Hrvatske radiotelevizije Hrvatsko proljeće 1971. (2021.). Za knjigu “Komunizam i čovjek: odnos vlasti i pojedinca u Hrvatskoj od 1958. do 1972.” (Zagreb, 2016.) nagrađen je Državnom nagradom za znanost.
Nedavno mu je objavljena i druga knjiga pod naslovom Kako je operirala UDBA? Operacija „Paromlin“ i sudbina Vinka Markovića.